Andrej Babiš mladší sehrál roli v kauze Čapí hnízdo hned několikrát. Podle zveřejněných informací od české policie a Evropského úřadu pro boj proti podvodům (OLAF), jenž se zabýval podezřením na podvodné přijetí 50milionové dotace, se měl minimálně dvakrát osobně účastnit transakce převodu akcií.

První převod proběhl na konci roku 2007. Podle kopií smluv prodala společnosti ZZN AGRO Pelhřimov akcie Čapího hnízda třem kupujícím: Andreji Babišovi mladšímu, jeho sestře Adrianě Bobekové a Monice Babišové, současné manželce premiéra. Celkem koupili dvacet akcií za 2 386 000 korun. Akcie byly takzvaně na doručitele, tedy cenné papíry, jejichž majitel není uveden v žádném rejstříku. Sourozenci koupili po pěti akciích, Monika Babišová se stala majitelkou deseti kusů.

Také druhého prodeje akcií se účastnil syn premiéra. Novým spolumajitelem Čapího hnízda se stal 16. února 2008 bratr Moniky Babišové Martin Herodes ziskem 12 kusů akcií. I zde figurují podpisy Babiše mladšího, Adriany Bobekové a Moniky Babišové.

Kupní cena jedné akcie byla v obou případech 119 300 korun. Celkem tedy Herodes zaplatil za 12 akcií 1 431 600 korun.

Z těchto 12 akcií bylo 10 Moniky Babišové a každé z dětí se zbavilo jedné akcie. Herodes pak před vyšetřovateli prohlásil, že držel nově nabyté akcie pro sestru Moniku Babišovou a její dvě nezletilé děti, jež má s Andrejem Babišem. Když po pěti letech skončily dotační podmínky, stalo se Čapí hnízdo součástí holdingu Agrofert. Ten premiér převedl do svěřenských fondů kvůli možné kolizi se zákonem o střetu zájmů.

Vyšetřovatelé, kteří se zabývají kauzou Čapí hnízdo, považují uvedené převody akcií za účelové.