Jádro HR informačního systému tvoří moduly pro personální evidenci a zpracování mezd. Na tyto moduly pak navazují například moduly pro plánování dovolené, pro evidenci a zpracování docházky, obvykle spojené s elektronickým docházkovým systém, modul pro správu vzdělávání zaměstnanců.
Mezi novou rozvíjející se skupinu funkcionalit dále patří například moduly pro řízení talentu. Zahrnují hodnocení zaměstnanců, výběrová řízení, kompetenční modely nebo systém odměňování zaměstnanců.
K dalším modulům se řadí správa benefitů, evidence pracovních cest, evidence stravného a moduly pro komunikaci s Českou správou sociálního zabezpečení nebo se zdravotními pojišťovnami.
